基因组分析表明，冠状病毒可能是两种不同病毒的“嵌合体”

在短短的几周内，我们都了解了很多有关COVID-19及其病毒的知识：SARS-CoV-2。但是也有很多谣言。

尽管有关该病毒的科学文章数量在增加，但其起源仍然有许多灰色地带。

它发生在哪些动物物种中？蝙蝠，穿山甲还是其他野生物种？它从何而来？来自中国湖北省或其他地方的山洞或森林？

2019年12月，首批41人中有27人（占66％）通过了湖北省武汉市中心的一个市场。但是，根据武汉医院进行的一项研究，发现的首例人类病例并不经常出现在该市场。

取而代之的是，基于SARS-CoV-2基因组序列的分子测年估计表明起源于11月。这就引起了人们对这种COVID-19流行病与野生生物之间联系的质疑。

基因组数据

中国研究人员迅速对SARS-CoV-2基因组进行了测序。它是一个约30,000个碱基的RNA分子，包含15个基因，其中包括编码位于病毒被膜表面的蛋白质的S基因（为进行比较，我们的基因组呈约30亿个碱基的DNA双螺旋形式）包含大约30,000个基因）。

比较的基因组分析表明，SARS-CoV-2属于乙型冠状病毒，与SARS-CoV非常接近，SARS-CoV引起了2002年11月在中国广东省出现的急性肺炎流行，然后蔓延至2003年有29个国家/地区。

总共记录了8,098例，其中774例死亡。众所周知，犀牛属的蝙蝠（可能是几个洞穴物种）是这种病毒的宿主，而小型食肉动物，即棕榈灵猫（Paguma larvata），可能已成为蝙蝠与人类最早病例之间的中间宿主。

从那以后，已经发现了许多β-冠状病毒，主要存在于蝙蝠中，但也存在于人类中。例如，最近从中国云南省采集的一种犀牛蝙蝠中分离出的RaTG13与SARS-CoV-2非常相似，其基因组序列相同，为96％。

这些结果表明，蝙蝠，尤其是犀牛属物种构成了SARS-CoV和SARS-CoV-2病毒的宿主。

但是，您如何定义储层？水库是对病毒不敏感或不是很敏感的一种或几种动物，它们自然会携带一种或几种病毒。

疾病症状的消失可以通过其免疫系统的有效性来解释，这使他们能够对抗过多的病毒增殖。

重组机制

2020年2月7日，我们得知在穿山甲中发现了一种甚至更接近SARS-CoV-2的病毒。据报道，有99％的基因组一致性，这表明它比蝙蝠更有可能成为贮藏库。

但是，最近一项正在审查的研究表明，从马来西亚穿山甲（Manis javanica）分离出的冠状病毒的基因组与SARS-Cov-2的相似性较低，只有90％的基因组一致性。这表明穿山甲中分离出的病毒与当前肆虐的COVID-19流行无关。

但是，从穿山甲中分离出的冠状病毒在S蛋白的特定区域相似，为99％，这对应于ACE（血管紧张素转换酶2）受体结合域中涉及的74个氨基酸，该域允许病毒进入人体细胞感染它们。

相比之下，从蝙蝠R. affinis分离的病毒RaTG13在该特定区域高度分化（仅相似性的77％）。这意味着从穿山甲中分离出的冠状病毒能够进入人类细胞，而从蝙蝠R. affinis中分离出的一种则不能。

此外，这些基因组比较表明，SARS-Cov-2病毒是两种不同病毒重组的结果，一种接近RaTG13，另一种接近穿山甲病毒。换句话说，它是两种先前存在的病毒之间的嵌合体。

在冠状病毒中已经描述了这种重组机制，特别是解释了SARS-CoV的起源。重要的是要知道重组会导致潜在地能够感染新宿主物种的新病毒。

为了发生重组，两种不同的病毒必须同时感染同一生物。

两个问题仍未解决：这种重组发生在哪个生物中？ （蝙蝠，穿山甲或其他物种？）最重要的是，这种重组是在什么条件下发生的？

亚历山德拉·哈桑宁（Alexandre Hassanin），法国巴黎圣母院，索伯纳大学（University ofConférences），系统生物学，进化研究所，生物多样性研究所（CNRS，MNHN，SU，EPHE，UA），国家自然历史博物馆（MNHN）。

本文是根据知识共享许可从The Conversation重新发布的。阅读原始文章。